La Promenade niçoise du variant anglais

Présentation

Nous avons rapporté en août 2021 dans la revue Lancet Regional Health Europe comment la dissémination du variant « anglais » (alpha) du SARS-CoV-2 s’est opérée à l’intérieur de la ville de Nice au début de l’année 2021. Nous avons obtenu ces résultats en analysant les eaux usées d’une vingtaine de points de la ville par séquençage d’ARN. Cela nous a permis de dresser une carte des différents variants présents sur le territoire. De telles approches fourniront certainement dans le futur de précieuses informations épidémiologiques sur ce virus ou tout autre matériel infectieux.
Le génome du virus SARS-CoV-2 contient environ 30000 ribonucléotides. Nous avons mis en place une approche de séquençage par nanopores pour suivre les différents variants du virus du SARS-CoV-2 dans les eaux usées de la ville de Nice qui permet de quantifier la concentration du virus tout en déterminant également la nature des éventuels variants. Nous avons démontré que les quantifications effectuées dans les eaux usées de différents quartiers d’une ville permettaient de bien refléter ce qui se passait en surface, après avoir comparé les signaux mesurés dans les eaux usés aux mesures effectuées sur des échantillons de patients récupérés durant la même semaine. Des mesures effectuées sur les réseaux d’assainissement donnent ainsi une image assez précise de ce qui peut se passer à l’échelle de toute la population, en permettant le criblage des personnes symptomatiques aussi bien que des personnes asymptomatiques.
Avec l’aide des services de l’assainissement de la Métropole de Nice, des eaux usées provenant de 20 quartiers différents de la ville ont été collectées. Des informations très précises sur les différents variants qui circulaient ont alors pu être collectées pendant 6 mois, permettant, d’alerter très tôt en 2021 les autorités sur la présence de variants « à risque » dans certains quartiers de la ville.
Nos mesures ont permis de détecter dès janvier 2021 l’émergence dans un des quartiers de la ville d’un variant particulier de la lignée alpha, porteur d’une mutation A522S sur la spicule. Ce variant n’avait été détecté que chez moins de 2% de tous les virus B.1.1.7, mais c’est pourtant cette souche qui s’est rapidement répandue dans toute la ville pour y devenir largement majoritaire à partir du mois de février.