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PLATE-FORME LIPIDOMIQUE/ PROTEOMIQUE

Présentation

Depuis la création de l’Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire en 1989, la plate-forme d’analyse des biomolécules a joué un grand rôle dans plusieurs projets de l’IPMC.

La plate-forme est spécialisée dans l’analyse par spectrométrie de masse des protéines, lipides et métabolites. Les ingénieurs de la plate-forme interviennent à plusieurs niveaux dans : la réflexion et l’écriture du projet (faisabilité, design expérimental, coût), la préparation des échantillons, l’optimisation et la conduite des analyses par spectrométrie de masse, l’interprétation des données et la valorisation des résultats.

Les compétences de la plate-forme s’appliquent à deux principales thématiques : l’analyse protéomique et l’analyse lipidomique /métabolomique.


Applications

Dans le domaine de la protéomique la plate-forme propose différentes applications comme :
- l’identification de protéines à partir de mélange complexe,
- la quantification relative des protéines par des approches ciblées et non ciblées sans marquage (label free quantification),
- la caractérisation des modifications post traductionnelles et
- le contrôle qualité des protéines recombinantes (qualité, pureté…)
- la caractérisation fine des molécules de vivant (ex : dégradation de neuropeptides…).

Dans le domaine de la lipidomique/métabolomique la plate-forme propose les applications suivantes :
- identification et quantification relative de lipides dans des mélanges complexes,
- caractérisation et quantification relative de métabolites connus présents dans des mélanges complexes.
               
Plusieurs liens internet existent :
- le premier est celui de la plate-forme qui permet qui permet l'accès (après identification) aux services de la plate-forme aussi bien aux équipes de l'Institut mais également à des équipes extérieures.
- le second site est celui de la plate-forme CAPABIO qui est le regroupement des différentes plates-formes d'analyse de biomolécules présentes en région PACA-Est.


Equipements de la plate-forme :

- Chaîne micro-UHPLC (U3000, Thermo Fisher)
- Chaîne nano-HPLC (U3000, Thermo Fisher)
- Spectromètre de masse HRMS, Q-exactive plus (Thermo Fisher)


Contacts

Delphine DEBAYLE, Lipidomique et protéomique - CAPABIO, AP, risques chimiques

Lucile FLEURIOT, Lipidomique - CAPABIO

Anne-Sophie GAY, Protéomique - CAPABIO, risques chimiques
 

Publications 2020

Dietary fat exacerbates post-prandial hypothalamic inflammation involving 2 GFAP-positive cells and microglia in male mice.
C Cansell1, K Stobbe, CSanchez, O Le Thuc, CA Mosse, S Ben-Fradj, J Leredde, C Lebeaupin, D Debayle, L Fleuriot, F Brau, N Devaux, A Benani, E Audinat, N Blondeau, JL Nahon, C Rovère. Glia 2020 Jul

Inhibition of Patched Drug Efflux Increases Vemurafenib Effectiveness against Resistant BrafV600E Melanoma.
Signetti L, Elizarov N, Simsir M, Paquet A, Douguet D, Labbal F, Debayle D, Di Giorgio A, Biou V, Girard C, Duca M, Bretillon L, Bertolotto C, Verrier B, Azoulay S, Mus-Veteau I.Cancers (Basel). 2020 Jun

Molecular and cellular dissection of the oxysterol-binding protein cycle through a fluorescent inhibitor.
Péresse T, Kovacs D, Subra M, Bigay J, Tsai MC, Polidori J, Gautier R, Desrat S, Fleuriot L, Debayle D, Litaudon M, Pham VC, Bignon J, Antonny B, Roussi F, Mesmin B.J Biol Chem. 2020 Mar.

Osh6 requires Ist2 for localization to ER-PM contacts and efficient phosphatidylserine transport in budding yeast. D'Ambrosio JM, Albanèse V, Lipp NF, Fleuriot L, Debayle D, Drin G, Čopič A. J Cell Sci. 2020 Jun.


Publications 2018

CDC20B is required for deuterosome-mediated centriole production in multiciliated cells.
Revinski DR, Zaragosi LE, Boutin C, Ruiz-Garcia S, Deprez M, Thomé V, Rosnet O, Gay AS, Mercey O, Paquet A, Pons N, Ponzio G, Marcet B, Kodjabachian L, Barbry P. Nat Commun. 2018 Nov 7;9(1):4668. doi: 10.1038/s41467-018-06768-z.

Adiporon, an adiponectin receptor agonist acts as an antidepressant and metabolic regulator in a mouse model of depression.
Nicolas S, Debayle D, Béchade C, Maroteaux L, Gay AS, Bayer P, Heurteaux C, Guyon A, Chabry J. Transl Psychiatry. 2018 Aug 16;8(1):159. doi: 10.1038/s41398-018-0210-y.
Format PDF

Melanocytes sense blue light and regulate pigmentation through the Opsin3.
Regazzetti C, Sormani L, Debayle D, Bernerd F, Tulic MK, De Donatis GM, Chignon-Sicard B, Rocchi S, Passeron T. J Invest Dermatol. 2018, janv. pii: S0022-202X(17)32792-6. doi: 10.1016/j.jid.2017.07.833.


Publications 2017

Localization and Processing of the Amyloid-β Protein Precursor in Mitochondria-Associated Membranes.
Del Prete D, Suski JM, Oulès B, Debayle D, Gay AS, Lacas-Gervais S, Bussiere R, Bauer C, Pinton P, Paterlini-Bréchot P, Wieckowski MR, Checler F, Chami M. J Alzheimers Dis. 2017;55(4):1549-1570. doi: 10.3233/JAD-160953.


Publications 2016

Design and Development of a Two-Color Emissive FRET Pair Based on a Photostable Fluorescent Deoxyuridine Donor Presenting a Mega-Stokes Shift.
Barthes NP, Gavvala K, Bonhomme D, Dabert-Gay AS, Debayle D, Mély Y, Michel BY, Burger A. J Org Chem. 2016 Oct 31

A turn-on dual emissive nucleobase sensitive to mismatches and duplex conformational changes
Krishna Gavvala, Nicolas P. F. Barthes, Dominique Bonhomme, Anne Sophie Dabert-Gay, Delphine Debayle, Benoît Y. Michel, Alain Burger and Yves Mély. RSC Adv., 2016,6, 87142-87146

Low cost venom extractor based on Arduino(®) board for electrical venom extraction from arthropods and other small animals.
Besson T, Debayle D, Diochot S, Salinas M, Lingueglia E. Toxicon. 2016 Aug ; 118 : 156-61.

Compounds Triggering ER Stress Exert Anti-Melanoma Effects and Overcome BRAF Inhibitor Resistance.
Cerezo M, Lehraiki A, Millet A, Rouaud F, Plaisant M, Jaune E, Botton T, Ronco C, Abbe P, Amdouni H, Passeron T, Hofman V, Mograbi B, Dabert-Gay AS, Debayle D, Alcor D, Rabhi N, Annicotte JS, Héliot L, Gonzalez-Pisfil M, Robert C, Moréra S, Vigouroux A, Gual P, Ali MM, Bertolotto C, Hofman P, Ballotti R, Benhida R, Rocchi S. Cancer Cell. 2016 Jul 11 ; 30(1) : 183.

Publications avant 2015

Tomas NM, Beck LH Jr, Meyer-Schwesinger C, Seitz-Polski B, Ma H, Zahner G, Dolla G, Hoxha E, Helmchen U, Dabert-Gay AS, Debayle D, Merchant M, Klein J, Salant DJ, Stahl RAK, Lambeau G.
N Engl J Med. 2014 Dec 11;371(24):2277-2287. doi: 10.1056/NEJMoa1409354. Epub 2014 Nov 13.
 
Diochot S, Baron A, Salinas M, Douguet D, Scarzello S, Dabert-Gay AS, Debayle D, Friend V, Alloui A, Lazdunski M, Lingueglia E.
Nature. 2012 Oct 25;490(7421):552-5. doi: 10.1038/nature11494. Epub 2012 Oct 3.
 Flammang B, Pardossi-Piquard R, Sevalle J, Debayle D, Dabert-Gay AS, Thévenet A, Lauritzen I, Checler F.
J Alzheimers Dis. 2012;30(1):145-53. doi: 10.3233/JAD-2012-112186.
 Jemel I, Ii H, Oslund RC, Payré C, Dabert-Gay AS, Douguet D, Chargui K, Scarzello S, Gelb MH, Lambeau G.
J Biol Chem. 2011 Oct 21;286(42):36509-21. doi: 10.1074/jbc.M111.268540. Epub 2011 Aug 30.

Evolution of a novelphenolic pathway for pollen development.
Matsuno M, Compagnon V, Schoch GA, Schmitt M, Debayle D, Bassard JE,Pollet B, Hehn A, Heintz D, Ullmann P, Lapierre C, Bernier F, Ehlting J, Werck−Reichhart D. Science. 2009 Sep.

Abscisic acid negatively regulates elicitor−induced synthesis of capsidiol in wild tobacco.
Mialoundama AS, Heintz D, Debayle D, Rahier A, Camara B, Bouvier F. Plant Physiol. 2009 Jul.

A BAHD acyltransferase is expressed in the tapetum of Arabidopsis anthers and is involved in the synthesis of hydroxycinnamoyl spermidines.
Grienenberger E, Besseau S, Geoffroy P, Debayle D, Heintz D, Lapierre C, Pollet B, Heitz T, Legrand M. Plant J. 2009 Apr

Multi-residue analysis of traces of pesticides and antibiotics in honey by HPLC-MS-MS.
Debayle D, Dessalces G, Grenier-Loustalot MF. Anal Bioanal Chem. 2008 Jun
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06560 VALBONNE

tél : 04 93 95 77 77 - fax : 04 93 95 77 08

 

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